XVII-wieczna krypta, która znajduje się  podziemiach Kaplicy Matki Bożej została otwarta dzisiaj 1 listopada. W jej wnętrzach do połowy ubiegłego stulecia paulini składali prochy swoich współbraci.
 – Tu, w niszach wykutych w skale, w 36 wnękach grobowych chowani byli mnisi paulińscy – wyjaśnia o. Stanisław Tomo, rzecznik klasztoru. – Ich wszystkie kości złożono we wspólnym grobie 13 października 1836 r. Na ścianie przed wejściem do krypty jest tablica z wykazem pochowanych tam ojców i braci. W krypcie spoczywają m.in. generałowie Zakonu i przeorzy Jasnej Góry m.in.: o. Pius Przeździecki i o. Piotr Markiewicz. Listopad, to jedyny czas w roku, kiedy osoby z zewnątrz mogą odwiedzić kryptę. Przez pozostałe miesiące jest ona niedostępna.